«Вот вы в церкви нас не видите, а мы так всех вас видим»

Игумен Пафнутий скончался 31 мая 1907 года от тифа, в возрасте 61 года, и погребен на Игуменском кладбище. При нем было завершено строительство храма Сергиевского скита, а также каменного храма в Воскресенском скиту. В Петербурге, на Васильевском острове, по благословению игумена Пафнутия была начата постройка большого каменного пятиэтажного доходного дома. Игумен Пафнутий был прост в обращении с братией и этой искренней простотой располагал к себе.

Игумен Пафнутий прожил в обители 37 лет. О том, что и по смерти игумены Валаама не оставляют без помощи свою обитель, свидетельствует такой случай. О нем рассказал монах Евграф: «У нас в монастыре всегда хорошо, и летом и зимой. Да, лучше нашего монастыря нигде нет. Я живу вот 22-й год. Враг один раз стал меня искушать, внушая: «Уйди, да уйди. Чего ты здесь живешь?» И вот раз забылся я минут на семь, и вижу покойного нашего игумена Пафнутия, который посмотрел на меня строго, да и говорит: «Ты, смотри Евграфушка, отсюда никуда не уходи».

А мне очень уж радостно стало, что я его увидел, и спрашиваю: «Хорошо ли тебе, батюшка?» А он и отвечает: «Очень хорошо. Вот вы в церкви нас не видите, а мы так всех вас видим». Сказал это и скрылся. И я проснулся. С тех пор я из головы выбросил всякую думу, чтобы отсюда уйти».