Отсечение собственной воли и желаний было в нём полное. Будучи старым и больным, он без благословения не брал даже просфоры. Случающиеся скорби переносил в молчании, оправдывать себя не любил.
В последнее время старец сильно болел – от плеча и до пояса со спины его сошла вся кожа. Страшная язва приводила в содрогание посторонних, но он не только не хотел лечить её, но и нестерпимой своей боли не обнаруживал даже болезненным вздохом. В глухую ночь, на
соломенном своём ложе, с великим трудом вставал отец Серафим для молитвы на колени, медленно с глубоким вниманием ограждал себя крестным знамением и полагал поклон, произнося молитву. После нескольких поклонов в изнеможении падал на своё ложе и снова с усилием вставал на молитву. В таких трудах проходила ночь больного старца.
В последние дни своей жизни он соборовался и приобщался Святых Христовых Таин. За два дня до его кончины посетил отца Серафима келлиарх монастыря иеродиакон Иона. Глаза старца были закрыты, лицо сияло необычайной радостью, грудь высоко подымалась, из слов его можно было заключить, что он видит святых угодников Божьих. Сказав: «Владыко грядет, грядет Владыко!» – старец крестился, в величайшем восторге простирал руки и с живейшим чувством благоговения и любви взывал: «Господи мой! Сладчайший Иисусе Христе! Боже мой...» Когда старец умолк, тихая радость почивала на его лице. На вопрос отца Ионы, как его здоровье и кто грядет, старец радостно ответил: «Это – Господь наш Иисус Христос, про Него я говорил...»
За несколько часов до кончины, когда старец был как бы в забытьи, он продолжал молиться: «Распныйся за мя, помилуй мя! Сладчайший Господи, помилуй!..» Так страдания Господа Иисуса были в памяти схимонаха Серафима. Ими одушевлялся он в своём подвиге, ими крепко было его упование на милость Божию.
2 февраля 1860 года отец Серафим на 83 году от рождения тихо предал свой дух Господу. Окружающие с удивлением обоняли благоухание, исходившее от тела старца, – не было уже и страшной язвы на теле, её благолепно покрыла тонкая кожица. Схимонах Серафим погребён на Старом братском кладбище.
Валаамский монастырь включает в себя иерархически подчиненные ему подразделения: подворья, скиты, органы административно-хозяйственного управления, учебно-воспитательные и другие монастырские учреждения.
7496