Спасо-Преображенский Валаамский монастырь находится под начальственным наблюдением и высшим руководством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси.
Непосредственное управление Валаамской обителью осуществляет Игумен, назначаемый на должность указом Святейшего Патриарха на основании решения Священного Синода. Игумен осуществляет управление обителью в рамках полномочий, предоставленных ему Святейшим Патриархом.
На игумене монастыря лежит вся полнота ответственности за всё происходящее во вверенной его попечению обители. Игумен обители соблюдает сам и требует от братии исполнения всех предписаний монастырского Устава.
Осуществляя неустанное попечение об обители, игумен монастыря:
- сохраняет единство монастыря и его принадлежность к Русской Православной Церкви;
- несет ответственность за исправное, согласное с церковным уставом совершение богослужений, за церковную проповедь, религиозно-нравственное воспитание насельников;
- обеспечивает насельников монастыря проживанием, одеждой, питанием, медикаментами, лечением, и всеми необходимыми средствами для осуществления основных целей деятельности и задач монастыря;
- совершает монашеские и иноческие постриги братии;
- управляет финансово-экономической и хозяйственной деятельностью монастыря;
- заботится о благоустроении приписанных к монастырю скитов и подворий;
- имеет попечение о социальном служении обители;
- следит за благолепием храмов и других зданий и сооружений монастыря;
- руководит ремонтно-реставрационными работами в монастыре и приписанных к нему скитах и подворьях и отвечает за их проведение;
- осуществляет постоянное взаимодействие с государственными структурами, общественными организациями и деловыми кругами для обеспечения материальных и правовых условий осуществления социального служения и проведения реставрационных работ в монастыре.
В помощь игумену существуют Духовный собор монастыря, действующий согласно утвержденным для него положениям.
С 18 января 1993 г. игуменом Спасо-Преображенского Валаамского монастыря является епископ Троицкий Панкратий (Жердев).