В начале XX века монастырь включал в себя 13 скитов, расположенных в разных частях Валаама и 21 часовню.
На данный момент (январь 2024 года) восстановлены одиннадцать из тринадцати исторических скитов:
- скит во имя святителя Николая Чудотворца (Никольский);
- скит во имя Всех святых;
- скит во имя пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна (Предтеченский);
- скит во имя преподобного Сергия Валаамского (Сергиевский);
- скит во имя пророка Илии (Ильинский);
- скит во имя преподобного Александра Свирского (Святоостровский);
- скит во имя Смоленской иконы Божией Матери (Смоленский);
- Гефсиманский скит;
- Воскресенский скит;
- скит во имя Коневской иконы Божией Матери (Коневский);
- Авраамиевский скит.
Также в настоящий момент времени ведутся работы по восстановлению Германовского скита на острове Сюксюянсаари. Еще не восстановлен Тихвинский скит на острове Воссинансаари
В новейший период истории Валаамского монастыря было основано 5 новых скитов:
- Владимирский скит;
- Патриаршая пустынь;
- Серафимовский скит;
- Казанский скит;
- Андреевский скит.
10 июля 2023 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл освятил храм святого апостола Андрея Первозванного одноименного скита, расположенного на Оборонных островах.